El Museo Arqueológico se funda incuestionablemente con la finalidad investigar el pasado prehispánico, conservar y proteger los restos de cultura material que ha permanecido de aquel periodo de la historia.
Los Nombres del Museo
El Museo con el transcurso de los años ha modificado su nombre, en su fundación en el año 1944 es denominado Museo Arqueológico del ISBO, (Instituto de Sociología Boliviana) , antes de la década de los cincuenta, recibe el nombre de Museo Arqueológico “Manuel Cuellar”, y partir de 1959 empieza a denominarse como Museo Antropológico, designación que se aplica ahora.
Los periodos más fértiles de funcionarios del Museo, por las publicaciones producidas como resultado de los procesos de investigación seguidos, son de: Pucher, Branisa, Costas Arguedas y Salinas Camacho.
Sin embargo se puede afirmar que todos han contribuido al sostenimiento del Museo Antropológico, de acuerdo a las posibilidades y museografía de cada contexto. Unos más que otros han dedicado sus esfuerzos a incrementar las colecciones que ahora son parte importante del legado patrimonial prehispánico, y dirigido las condiciones de exhibición en las diferentes salas del Museo Antropológico.
De entre los investigadores que han trabajado en el Museo, aunque no fue Director, posiblemente uno notable, fue Dick Edgar Ibarra Grasso, que propuso la designación, de acuerdo a las técnicas, tecnología y desarrollo científico de aquel periodo, a varios de los grupos humanos que se asentaron en la región, identificación que aún ahora se continúa aplicando de modo referencial, participó activamente en la Misión Arqueológica Alemana (Walter y Disselhoff). Ibarra Grasso, respondía eficientemente a la metodología de investigación arqueológica del periodo en que se desempeñó.
Actualmente el Museo Antropológico con su brazo especializado en investigación, el Instituto de Investigación Antropológica y Arqueológica – INIAA -, goza de notable reputación en el planeta. Las últimas décadas se han desarrollado proyectos de Investigación Antropológica y Arqueológica con diferentes Instituciones y Universidades del mundo, Por Ej, Polonia, Finlandia, Suecia, Israel, Alemania, Francia, Inglaterra; varias Universidades de USA, por Ej. Pensilvania, Carolina del Norte, Iowa, California, Texas, Nueva York, etc.; y con nuestros países vecinos del Perú, Chile, Argentina y Brasil. En Bolivia con las Universidades de San Andrés y San Simón. De igual modo la formación de equipos interdisciplinarios de investigación organizados por el INIAA para el desarrollo de diferentes proyectos de Investigación con especialistas de diferentes áreas de la U.M.R.P.S.F.X.CH., y profesionales independientes.
Las labores de Investigación se han ejecutado en distintas áreas del conocimiento generalmente relacionados con la naturaleza del Museo Antropológico, entre ellas: Información Satelital, Sistemas digitales, ADN mitocondrial, Fluorescencia por Rayos X, Escáner Infrarrojo, excavaciones arqueológicas con rigurosa metodología científica, entre otras técnicas. La tecnología aplicada ha sido la contemporánea.
LOS TESTIMONIOS QUE GUARDA EL MUSEO ANTROPOLÓGICO
Son algo más de 3.000 piezas inventariadas
Alrededor de 1.500 se encuentran expuestas.
Las restantes se encuentran adecuadamente almacenadas en los depósitos específicos.
En los depósitos se encuentran los materiales obtenidos de casi todos los trabajos de investigación arqueológica que se han desarrollado en el departamento de Chuquisaca (de equipos de investigación del Museo o de investigadores externos).
El Museo Antropológico es la institución departamental que conserva los materiales arqueológicos del Departamento de Chuquisaca, y lidera o conduce los procesos de investigación arqueológica en el territorio chuquisaqueño.

Sala de cronología cultural.
Museo Antropológico.
Salas del Museo Antropológico
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Sala de Cronología Cultural
Sala de Armas y Herramientas
Sala de Avances de Investigación
Sala de Arte Rupestre
Sala de Antropología Física.
Sala de Etnografía y Folklore.
Salón de Conferencias.
Todas las salas y ambientes de Museo son permanentes. No son susceptibles de desarrollarse en ellas, ninguna otra actividad además de las visitas, cursos, talleres, conferencias.